El Colegio San José, ubicado en calle Libertad nº 341 de Santiago del Estero, nació como Institución Educativa en 1932, respondiendo a la invitación del obispo diocesano Monseñor Audino Rodríguez y Olmos, quien requería la fundación de un colegio destinado a la educación cristiana de varones.
Los primeros tres religiosos de la Congregación de los Hermanos de Nuestra Señora de la Misericordia, Ignacio, Anastasio y Gabriel, habían llegado a estas tierras el 6 de Octubre de 1931 con la misión educativa inspirada en el carisma de la misericordia y a la espiritualidad de su fundador, el Padre Víctor Scheppers.
Los primeros pasos comenzaron en un sector de la casona de doña Filomena Taboada de Arias, nuestra primera bienhechora, y que lo donó para una actividad de la Iglesia. Desde entonces, la Institución fue creciendo siempre más.
Actualmente, los Hermanos continúan regenteando y animando las obras, junto a un gran número de laicos que comparten el carisma.
El secundario se incio el 16 de marzo de 1942 como adscripto del Colegio Nacional Absalón Rojas, mediante Decreto 1748/42 Expediente Nº 76/42. Este beneficio de incorporación se mantiene hasta 1959, año en que se promulga la Ley de Enseñanza Libre. Cabe destacar que los Hermanos ampliaron el servicio con un internado para jóvenes, sobre todo los que venían del interior de la Provincia.
Desde su creación, el Bachillerato era la única oferta educativa. Al observarse una notable disminución en la inscripción de alumnos, se considera conveniente transformarlo por una carreta técnica con una orientación apropiada para nuestro medio por sus posibilidades inmediatas de efectivo aprovechamiento económico.
Así, surge el Plan de Perito en Técnicas Bancarias e Impositivas, único en el medio; el colegio abre sus puertas por primera vez a la población estudiantil femenina.
El Plan se aprueba en 1975 y pretende formar técnicos calificados para su actuación en instituciones bancarias, la administración pública, organismos recaudadores de impuestos, compañías de seguro, estudios contables e impositivos.
El nivel medio crece día a día, teniendo en cuenta, sobre todo, la gran demanda de alumnos de 7º grado del colegio de Enseñanza Primaria de los Colegios San José y Misericordia.
Pensando siempre en los intereses de las familias, y ante el requerimiento de los padres que solicitan carreras de tipo comercial, se pide ante las autoridades el inicio del 1º Año de Comercial Diurno (Decreto 6680/56).
A fines de 1983 la promoción de 7º grado superó en demasía la capacidad de nuestros dos primeros años – Bachillerato y P.T.B.I. -, por lo que, a pesar del examen de ingreso, selectivo, hubo que atender la solicitud de los padres y crear así una nueva división de Bachillerato. No obstante, la preferencia de los tutores se inclinan por las secciones comerciales que ofrecen una salida laboral y los pocos colegios de la ciudad que cuentan con estas carreras se encuentran colmandos.
El paso del tiempo y sus exigencias ha hecho que el Comercial tenga en su estructura curricular, asignaturas superadas en la práctica profesional actual y a las cuales no las respaldan fundamentaciones pedagógicas actualizadas; por esta razón se solicita autorización para sustituirlo por el Plan de Perito Mercantil con Orientación en Computación.
En virtud de la Ley Nacional Nro. 24.049 y Dcto. Pen. Nro. 964/92 a partir del 01 de enero de 1993 el Colegio viva la transferencia de sus servicios a nivel provincial, específicamente de Servicio Provincial de Enseñanza Privada. Este año se aprueban mediante Res. Nº 80/93 (Plan Res. Nº 701/87) las modificaciones propuestas al plan del comercial.
En 1995 y en el marco de la transformación educativa, se propone ante la SPEP la modificación de los tres planes de estudio; incorporando en la nueva estructura las asignaturas: Computación y Formación Cristiana. Mediante Res. Nº 50/96 se aprueba dicha modificación.